L'empremta de la clau és una seqüència única de lletres i números que s'utilitzen per a identificar la clau. Igual que les empremtes dactilars de dues persones diferents, les empremtes de dues tecles diferents mai no poden ser idèntiques. L'empremta de la clau és la millor manera d'identificar una determinada clau.

Una clau té diverses propietats com el nom i el correu electrònic del propietari, el tipus de clau, la data de caducitat, etc. Quan cerqueu una clau pública i trobeu diverses claus amb les mateixes propietats, l'única manera d'identificar la que busqueu és comparar les empremtes de les dues claus amb l'empremta de la clau que necessiteu.

És l'empremta d'una clau que es verifica quan intenteu iniciar la sessió amb un equip remot mitjançant SSH. Mentre us registreu amb una clau PGP, sempre s'ha de comprovar l'empremta de la clau i verificar la identitat del propietari de la clau per a assegurar-se que sigui correcta.