Tot i que és molt important mantenir les claus segures, pot resultar força tediós fer-ho quan en tingui moltes.
Quan creeu una nova clau pública de xifratge, es genera una parella de claus en comptes d'una sola clau. Aquest aparellament de claus consisteix en una clau principal, també anomenada clau mestra i una subclau. La clau mestra es pot utilitzar per a crear subclaus addicionals que s'hi enllacen.
La clau mestra s'utilitza per a signar altres claus, crear subclaus i revocar subclaus. Cal que la clau mestra sigui molt segura. També es recullen signatures de confiança a la vostra clau mestra. Si la clau mestra es compromet, no tindreu opció per a revocar-la, ni les subclaus que hi té lligades.
Per defecte la subclau s'utilitza per a xifrar i desxifrar missatges. Es poden crear subclaus addicionals per a signar. Tot i que és important que les vostres subclaus es mantinguin segures, sempre podeu revocar una subclau si està compromesa i crear-ne una de nova amb la clau mestra original.