En nøgles fingeraftryk er en unik sekvens af bogstaver og tal, som bruges til at identificere nøglen. Ligesom fingeraftrykkene fra to forskellige personer er fingeraftrykkene fra to forskellige nøgler aldrig identiske. Fingeraftrykket er den bedste måde til at identificere en bestemt nøgle.

En nøgle har adskillige egenskaber såsom navnet og e-mailadressen på nøglens ejer, nøglens type, nøglens udløbsdato osv. Når du søger efter en offentlig nøgle og finder flere nøgler med de samme egenskaber, så er den eneste måde, hvorpå du kan identificere den nøgle, du leder efter, at sammenligne nøglernes fingeraftryk med fingeraftrykket af den nøgle, du har brug for.

Det er fingeraftrykket af en nøgle, som bekræftes, når du prøver at logge ind på en fjerncomputer med SSH. Når en PGP-nøgle underskrives, skal du altid tjekke nøglens fingeraftryk og bekræfte identiteten på nøglens ejer for at sikre, at du underskriver den korrekte nøgle.