Selvom det er meget vigtigt at holde dine nøgler sikre, kan det blive ret besværligt at gøre det, når du har mange nøgler.
Når du opretter en ny offentlig krypteringsnøgle, genereres der et nøglepar i stedet for en enkelt nøgle. Nøgleparret består af en primær nøgle, også kaldet hovednøglen, og en undernøgle. En hovednøgle kan bruges til at oprette yderligere undernøgler, som er bundet til den.
Hovednøglen bruges til at underskrive andre nøgler, oprette undernøgler og tilbagekalde undernøgler. Din hovednøgle skal holdes meget sikker. Underskrifter, som der stoles på, samles også på din hovednøgle. Hvis hovednøglen kompromitteres, har du ikke andet valg end at tilbagekalde den og alle de undernøgler, som er vedhæftet til den.
Standardundernøglen bruges til kryptering og dekryptering af meddelelser. Yderligere undernøgler kan oprettes til underskrivning. Selvom det er vigtigt, at dine undernøgler holdes sikre, kan du altid tilbagekalde en undernøgle, hvis den kompromitteres, og oprette en ny en med den oprindelige hovednøgle.