Chociaż bezpieczeństwo kluczy jest bardzo ważne, staje się to uciążliwe przy dużej liczbie kluczy. Program
Kiedy tworzony jest nowy publiczny klucz szyfrowania, tworzona jest para kluczy zamiast jednego klucza. Para kluczy składa się z głównego klucza, zwanego także głównym kluczem, i podklucza. Można używać głównego klucza do tworzenia dodatkowych podkluczy, przypisanych do głównego.
Główny klucz jest używany do podpisywania innych kluczy, tworzenia podkluczy i unieważniania podkluczy. Główny klucz musi być bardzo chroniony. Zbiera on także podpisy zaufania. Jeśli zostanie ujawniony, to jedynym wyjściem jest unieważnienie głównego klucza i wszystkich przypisanych do niego podkluczy.
Domyślny podklucz jest używany do szyfrowania i odszyfrowywania wiadomości. Można tworzyć dodatkowe podklucze do podpisywania. Chociaż bezpieczeństwo podkluczy jest ważne, zawsze można unieważnić podklucz, jeśli zostanie ujawniony, i utworzyć nowy za pomocą oryginalnego głównego klucza.