För att starta ett nytt spel, klicka på menyknappen i fönstrets övre högra hörn och välj Nytt spel. Om du redan spelar ett spel kommer Hitori att fråga om du vill avbryta det pågående spelet.

För att tona ner en cell, klickar du på den; för att ta bort nedtoningen, klicka på den igen. När cellerna är nedtonade så att ingen av de tre reglerna bryts, är spelet slut och brädet kan inte längre manipuleras.

Hitori låter dig också tagga celler för egen referens när du löser pusslet. Detta kan åstadkommas genom att trycka Ctrl eller Skift och klicka på en cell. De taggar båda cellen på olika sätt, och cellen kan markeras på båda sätten samtidigt. Taggade celler kan avtaggas genom att klicka på dem igen samtidigt som du återigen håller ned Ctrl eller Skift.

För att ångra eller göra om ett drag, klicka på Ångra eller Gör om i rubrikraden. Du kan ångra eller göra om så många drag som du vill utan begränsningar.

För att få ett tips om vilken cell man kan tona ner, klicka på Tips i rubrikraden. En cell kommer att markeras med blinkande röd kontur. Detta visar att den aktuella statusen för cellen (nedtonad eller icke-nedtonad) är felaktig, och bör ändras för att pusslet ska gå ut.