Зазвичай, Shotwell зберігає базу даних і мініатюри фотографій у каталозі ~/.shotwell. У цьому каталозі не зберігаються самі фотографії, а лише база даних зі списком усіх фотографій у бібліотеці Shotwell.

Додатковою можливістю програми є використання у Shotwell декількох бібліотек, у кожній з яких зберігатиметься власний набір фотографій. Для кожної бібліотеки потрібен власний каталог бази даних. Щоб запустити Shotwell із іншою бібліотекою, вкажіть каталог альтернативної бази даних у командному рядку, ось так: